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敦煌的历史要追溯至１６００年前的前秦时期。相传前秦建元二年（公元３６６年），有一名手持锡头禅杖云游四方的名叫乐的和尚有一天来到敦煌的三危山下，但见林木参天的山下大泉河水潺潺流动。山上的岩石被阳光照耀得金光闪烁，河对面是沙海茫茫的鸣沙山。他马上悟到这是一个美妙的修禅静虑的好去处。日幕时分，正当火辣辣的太阳快要沉落到茫茫的沙海中去时，他突然看到对面三危山上一片金光万道，闪烁着耀眼的光茫中仿佛有亿万佛像的光环在一片金色的海洋中呈现。乐顿时好像感觉到这或许就是上苍有意赐给他的将来为佛教大业功德修行的一片风水极好的圣地，由此他立誓要在此为佛像塑金身，建庙宇，于是他雇人在鸣沙山断崖上开凿创建了第一个石窟，后来又有一个名叫法良的禅师继续在鸣沙山断崖上一个一个地开凿石窟，由此直至元代，历代修修凿凿不绝因而形成了今天的敦煌莫高窟石窟群。
在敦煌境内这两座著名的三危山和鸣沙山两山衔接处是一片开阔的戈壁滩，两山之间流出的大泉河水冲刷出一道深而广的河床，河床东面是沙丘，西岸是９０度削壁的崖壁，这些陡峭的崖壁上就排列着至１６００年前乐开凿的第一个石窟至今历代修凿的４９２个石窟，每一个石窟中都有着中国各个历史时期精美的反映了当时历史人文风貌的壁画和塑像，塑像共计两千余身，壁画四万五千多平方米，是世界上最大的艺术宝窟之一。
莫高窟的由来最早是在隋代的洞窟中出现，其所以叫莫高窟，据考证其说有三，其一是说因为石窟建在鸣沙山断崖之上，鸣沙山较之周围地形又更高，在中国古代汉字中，沙漠的漠与莫高窟的莫字相同，因此不言而喻在沙漠更高处开凿的石窟就叫莫高窟了；看法二认为古代敦煌的地名中这里叫过漠高乡。呜沙山又称漠高山，因此漠高山断崖的石窟当然就叫莫高窟，第三种看法认为是最早在此开凿石窟的乐和尚道行高超，其它和尚的道行都“莫高于此僧”，所以乐造的石窟就叫莫高窟，凡此种种，均为后人的说法。
所谓藏经洞，即莫高窟之第１７窟，今天正规地称为敦煌石室和鸣沙山石室。关于藏经洞之为密室，何时封闭的，为何封闭，时至今日，没有统一的解释。
法国人伯希和在其《敦煌石室计》中认为，公元１０３６年将陷于西夏的敦煌将藏经洞封闭，根据是藏经中最后的纪年文书为宋太平兴国（公元９７６至９８３年）及至道（公元９９５至９９７年）和元──西夏文书的发现，（西厦文创于１０３６年），另外藏经洞封闭墙上的绘画图为西夏式和当时归义军与西厦争战的形势，以为当初为了保存这大批宗教经卷和世俗文书才有藏经洞之建立和封闭。这种在与西厦战争中敦煌寺僧为使其经卷免受战火洗劫而建立和封闭的藏经洞之说是今天主要的说法。
其二的看法认为藏经洞的建立和封藏是在宋皇佑之后（公元１０５４年），根据是当时敦煌佛教的状况和西厦也崇佛的情况来分析认定的。
其三是根据敦煌文书中有纪年的文书进行排比分析。根据题记比较壁画认为是在十一世纪初。
其四认为是宋代圣绍年时期（１０９４－１０９８年）哈拉汗王朝准备攻打西厦施行灭佛时所为。其五还有元初说，元明之际说等等不一而足。
藏经洞的发现者王道士本名王圆，他是湖北麻城人，早年在肃州巡防军中服役，退役后因衣食无着就到莫高窟寺院当了道士，因能说会道会哼几句道经，比莫高窟上、中寺那些不太通汉语的藏徒喇嘛略胜一筹。因此有了一些听经的门徒，香火日盛，他也干起修理洞窟，清理积沙的功德之事来。
清光绪二十六年（公元１９００年）某天，他在莫高窟北段七佛殿下第１６窟甬道中清理积沙时，他发现了这个藏经洞。他在清除掉那些淤塞在甬道两壁那些宋代所说的供养菩萨行列中的流沙后，看到失去流沙依托后的墙出现的裂逢，敲打那些裂逢的墙壁后发现里面是空洞，才发现墙壁里面一扇紧闭的小门，打开小门里面尽是推满了法器、经卷、绣画、文书直至窟顶的一间小窟室，可叹可笑的是当惊呆了的王道士立即上报给敦煌县令时，然而尽然没有引起县令的注意，后来又准备送甘肃省保管却又因运费问题而搁置了下来，当局只是叫王道士将窟室封闭而王道士却偷偷取出一些经卷和绘画去讨好一些官吏，还让人到新疆去秘密出售。那些价值连城的敦煌文书就开始通过王道士的盗卖和馈送，开始从敦煌向外四面散失出去，最终让嗅着味儿而来的奥布鲁切夫.鄂登堡、斯坦因、伯希和、橘瑞超、吉川小一郎、华尔纳之流鱼贯前来……
奥布鲁切夫是用六包日用品为交换条件，一次从王道士手中取走两大捆文书。而斯坦因却是用欺骗的手段，把自己装扮成唐玄奘的热烈崇拜者，说自己是从的遥远的印度来的信徒和追随者，负有把经卷送回原来（指印度，还是用金钱在他后面作为后盾的印度英国政府？还是存放脏物的不列颠博物馆？）地方的使命，斯坦因如前面所说是用４０块马蹄银，亦即４０锭银元宝，即让王道士交换给他“整整装满２４大箱文书和五大箱绘画织品”。
